為保證新農村合作醫療資金安全有效運行，瀘西縣嚴把三道關口筑牢資金監管防線。
嚴把醫療消費關，實推付費改革。2016年全縣所有縣鄉醫療機構全面實施按床日付費、單病種付費和總額預算付費相結合的付費制改革工作，嚴格控制目錄外用藥、貴重藥品及特殊檢查治療項目，有效控制醫療費用不合理增長，遏制過度檢查、過度治療等損害參合患者利益情況的發生。住院次均費用與2015年同期上升174.36元，醫療費用增長率4.7%，控制在10%以內。
嚴把網上審核關，促進陽光操作。實施新農合藥品網上統一采購，嚴格執行藥品零差率銷售，并要求各定點醫療機構在醒目位置公布新農合補償范圍和比例、藥品價格、門診統籌新制度等有關信息，讓患者明白消費，提高資金使用透明度。1—6月縣級醫療機構藥品網采金額2938.01萬元，基層醫療衛生機構平臺采購基藥706.17萬元，基層醫療機構藥品實行零差率銷售金額達812.59萬元，補助基藥補助資金208.36萬元。
嚴把督查整改關，確保安全運行。加強對定點醫療機構新農合服務的明察暗訪，采取現場督查和抽樣核實的方式檢查醫務人員是否存在搭車開藥、亂收費以及克扣、截留、串換病人藥品等行為。1—6月對75家醫療機構開展督查25場次，查處違規案件19起。黃牌警告處理民營醫院2家，通報處理民營醫院2家、村衛生室11家；取消新農合定點衛生室1家，停業整改村衛生室3家；查處借證冒名住院1人，查處不符合報賬患者16人，涉及資金達105.33萬元，節約新農合基金支付65.90萬元；扣轉違規和不合理收費172.91萬元，扣除超過床日給付標準資金50.04萬元，合計扣轉入新農合資金專戶222.96萬元。