從1957年“反右”運動到十年“文革”，全國監察制度和工作發生了一系列前所 未有的變化。包括云南在內的紀檢監察工作，也在挫折、調整、摧殘、復蘇的曲折歷史中，艱難地徘徊前行。
1959年4月，國務院提請全國人大撤銷監察部。同年7月，云南省人民委員會監 察廳也被撤銷，監察機關工作人員由各級組織部門重新安排。國家行政監察部門被撤銷，使行政監察工作受到嚴重削弱，本來已趨健全的國家行政監察體制也因此殘缺不全。這給后來全國以及云南的法制、紀檢和廉政建設帶來了諸多不利的影響。
1960年，為了糾正“左”傾錯誤，調整國民經濟，黨中央發出《關于農村人民公社當前政策問題的緊急指示信》《關于徹底糾正“五風”問 題對省市自治區黨委的指示》等文件。要求堅決要求堅決糾正共產風、浮夸風、命令風、干部特殊風、生產瞎指揮風以及公社化以來的錯誤。1961年，黨中央在八屆九中全會上通過了“調整、鞏固、充實、提高”的經濟發展方針。同時，為甄別平反“反右”以來各類運動中受到錯誤處分的黨員干部，1962年又發出了《關于加速進行黨員、干部甄別工作的通知》。
1962年1~4月，云南省紀委遵照中央精神，對1957~1961年的錯案、被錯誤處分的干部或黨員進行甄別糾正。定期發布《甄別工作匯報材料》和《監察工作簡報》等。應當說，紀檢監察工作又稍稍回到了正確的軌道上。至1963年3月，云南省的甄別工作基本結束，甄別結果為：原處分、批判正確和基本正確的38351人，占12.75%；原處分、批判錯誤和基本錯誤的102129人，占63.4%。此次甄別活動基本扭轉亂批、亂斗、亂撤職現象，調動了黨員、干部的積極性，增強了團結，加強了黨的領導。
1963年至1965年，云南省紀委根據中央指示和部署，先后開展了“五反”和“四清”運動，揭露出貪污盜竊、投機倒把者17400多人，其他嚴重錯誤者22672人，混入干部隊伍中的“地富反壞”分子和不可救藥的變質分子46人。當然，由于始終強調“以階級斗爭為綱”，運動中也同時出現了不少傷害無辜干部和群眾的情況。而“四清”運動尚未結束，全國又很快陷入了十年“文革”，紀檢制度和工作遭到了空前的破壞。
云南的十年“文革”，是從1966年5月7日省委成立“文化革命小組”開始。1967年1月，昆明地區的兩大“造反派”分別奪取了中共云南省委和云南省人民委員會的黨政權力。是年3月，中央批準成立省“軍管會”，全面接管中共云南省委和云南省人民委員會的工作。4月21日，中共云南省委常委、副省長、省監委原書記劉林元同志被迫害致死。1968年8月，云南省“革命委員會”成立，宣布：原中共云南省委和云南省人民委員會全部撤銷，停止工作，參加“斗、批、改”。
省委監察委員會與其他黨政機關一樣，被“造反派”奪權，監察干部隊伍遭受摧殘，紀檢監察制度和工作受到嚴重的破壞，蒙受了巨大的損失。就全省而言，由于失去了正常的紀檢監察，一是制造了大量的冤假錯案，不計其數的干部、群眾被迫害致死。二是所謂“政治邊防”嚴重破壞了邊疆穩定，造成繼“大躍進”后的第二次邊民外逃，在國內外造成了很壞的政治影響。三是包括經濟、科技、教育、文化、衛生在內的整個社會主義建設事業遭到全面破壞。直到1976年粉碎“四人幫”，十年“文革”才基本結束。經過十年“文革”，云南積累了許多嚴重的政治問題和社會問題，在重建和恢復黨組織、國民經濟建設、統一戰線、科教文衛等方面，百廢待興，有許多迫切的工作要做。但由于當時受“兩個凡是”錯誤思想的影響，1977、1978年兩年間，云南與全國其他省區一樣，各項工作雖然有所進展，但是，紀檢工作總體上也受到嚴重的阻撓，依然處于徘徊的狀態中。
1977年8月，黨的第十一次全國代表大會在北京舉行。大會通過《關于修改黨的章程的報告》，正式提出恢復黨的紀律檢查機關。經過修改的《黨章》規定：黨的中央委員會，地方縣和縣以上、軍隊團和團級以上各級黨的委員會，都設立“紀律檢查委員會”。各級紀律檢查委員會由同級黨的委員會產生，并在同級黨委的領導下，加強對黨員的紀律教育，負責檢查黨員和黨員干部執行紀律的情況，同各種違反黨的紀律的行為做斗爭。
1978年8月，中共云南省委批準成立黨的各級紀律檢查委員會；省委組織部下發《關于建立各級黨的紀律檢查委員會的報告》。《報告》指出：為適應新時期總任務的要求，縣以上各級黨委和相當于縣以上的企事業單位黨委，都要按照新《黨章》的規定，抓緊把黨的“紀律檢查委員會”或黨的“紀律檢查組”建立起來。《報告》還對黨的紀律檢查委員會或黨的紀律檢查組的任務、選拔干部的條件、機構設置和人員配備等提出了具體意見。
中共云南省委于1978年9月正式批準成立“云南省委紀律檢查委員會”。在省委的批復中，同意省委組織部的《請示報告》；同意省委紀律檢查委員會在召開省的黨代會時正式選舉產生；同意省委紀委設一室三處、暫定編制45人。1978年11月，省委批準了省委紀律檢查委員會組成人員名單。省委紀律檢查委員會由代理副書記王文玉、劉鑫、賈敦芳三位同志為委員，周力、張文軒、毛崇橫、曹理周、賀長文五位同志任兼職委員。
省紀委成立后，迅速開始投入工作。1978年11月在昆明召開工作座談會。會議認真學習了新《黨章》和中央、省委有關紀檢監察的文件精神，著重討論了紀律檢查委員會的任務和當前的工作。會議認為各級紀律檢查委員會當前要做好的五項工作是：
一、以揭批查“四人幫”為綱，加強黨的紀律教育。
二、檢查黨員和干部執行紀律的情況，同各種違反黨的紀律的行為做斗爭。
三、處理好第十一次路線斗爭中的案件。
四、做好“文革”中受害黨員的平反和落實政策工作。
五、做好“文革”之前舊案的申訴處理工作。
會議強調，黨的紀律檢查部門當前的首要任務，就是針對十年“文革”給云南帶來的種種倒行逆施，從紀檢監察的角度，撥亂反正。要落實中央“思想再解放一點，膽子再大一點，辦法再多一點，步子再快一點”的指示，迅速把黨的紀律檢查工作抓上去。
云南和全國一樣，“文革”前，黨的紀檢工作有效地純潔了黨的隊伍和組織，保證了黨組織的凝聚力和戰斗力，促進了黨的各項事業順利發展，鞏固了黨的執政地位。但由于沒有把制度建設作為根本性、全局性的問題來對待，尤其是1959年行政監察機關被撤銷。在“文革”期間，紀檢、監察工作被一系列“運動”所代替，紀檢制度被踐踏，乃至被廢除，給黨和國家的建設帶來巨大的負面影響。直到1978年9月，新的“云南省紀委”成立后，全省紀檢制度建設 和工作才開始快步走出了徘徊不前的局面。